Amb el restabliment de l’absolutisme el 1823, es va produir la restauració de la vida monàstica i poc després, entre el 1826 i el 1830, l’abat Francesc Xavier de Portella endegà un ambiciós pla de renovació de l’església, seguint un projecte de l’arquitecte vigatà Josep Morató. El temple va passar de tenir cinc naus a disposar-ne només de tres i es va decorar segons el gust neoclàssic. La destrucció i supressió definitiva del monestir s’esdevingué arran de la Primera Guerra Carlina. El 9 d’agost de 1835 un batalló liberal, format per oficials i soldats molt radicalitzats, va entrar a Ripoll. La tropa acusà la comunitat de connivència amb els carlins i assaltà el cenobi. Incendiaren el conjunt i durant tres dies es van dedicar al pillatge. Van ser assassinats dos monjos, es van profanar les tombes comtals i es cremà l’arxiu. El posterior setge i destrucció de la vila per part dels carlins el 1839 convertí Ripoll en una població mig deserta i en ruïnes. En els anys següents s’esfondraren la torre del palau de l’abat (1846), part del claustre (1847) i les naus de l’església (1852). La Cort del Vicari fou cedida a l’Ajuntament per a Cases Consistorials.
La primera intervenció important per restaurar el conjunt es féu a partir del 1861-1863, sota la supervisió de la Comissió de Monuments de Girona. Eudald Raguer en va ser nomenat conservador o delegat al monestir i més tard ho foren Josep Raguer i Josep M. Pellicer. Però les obres s’interromperen sovint per manca de finançament o per contingències polítiques. La Comissió presentà el 1880 un projecte de restauració del conjunt redactat per l’arquitecte Martí Sureda, que no tirà endavant. Anys abans l’Acadèmia Provincial de Belles Arts de Barcelona havia encarregat a l’arquitecte Elies Rogent un primer projecte (1863-1865). La fase final de la restauració va tenir lloc a partir del 1885, quan el bisbe Josep Morgades aconseguí que l’Estat cedís a la mitra de Vic l’església i el claustre, per a convertir-los en la nova seu de la parròquia de Ripoll. Morgades va emprendre una exitosa campanya per trobar finançament per a les obres, les quals van començar el març de 1886 segons el projecte d’Elies Rogent, revisat, que perseguia retornar l’edifici a l’estat que devia tenir quan Oliba el consagrà el 1032. El gener del mateix 1886 Jacint Verdaguer havia publicat el poema Canigó, clau en la difusió del mite de Ripoll. Aprofitant la inauguració de les obres, el bisbe Morgades homenatjà el poeta en nom de Catalunya i el coronà amb dues branques de llorer.El 2 de juliol de 1893 Josep Morgades beneí el nou altar major i va dir-hi la primera missa. En els anys següents es completà el mobiliari i la decoració de l’interior de l’edifici amb notables peces d’estil modernista.