Els segles XII i XIII
A la mort d’Oliba començà un període conflictiu dins el monestir a causa del nomenament simoníac d’abats i el relaxament de l’observança de la regla. Va ser tan greu el trasbals, que entre el 1061 i el 1068 hi van arribar a haver tres abats alhora, dos dels quals intrusos.
Per trobar una sortida a l’atzucac, el 1070 el comte Bernat II de Besalú, descendent del Pelós i detentor del patronatge de l’abadia, uní Ripoll al monestir provençal de Sant Víctor de Marsella, paladí de la reforma gregoriana, que passà a controlar la casa i a designar els abats. Molts altres monestirs catalans van caure en aquest mateix moment en l’òrbita del monestir marsellès. En els anys següents la comunitat i el culte dins el monestir van viure un període de reviscolament. Sobretot van ser uns anys de consolidació de l’abadiat, el territori exempt sota la jurisdicció del monestir, proveïdor de generoses rendes. Ripoll era senyor de viles com Ripoll mateix, Olot o Tossa i de molts termes rurals i algun castell. L’abat també gaudia de molts drets sobre les esglésies parroquials de l’abadiat, la qual cosa l’enfrontà amb el bisbe de Vic. I fins vuit priorats en depenien: Montserrat, Gualter, Sant Pere Gros, Tresponts, Panissars, Sant Quintí de Mediona, Santa Maria de Meià i Santa Maria de Banyeres. Al segle XII l’administració del monestir es va reorganitzar i les rendes es distribuïren entre les dignitats claustrals (quatre pabordes, el cellerer, l’almoiner i el cambrer, entre altres). Vers el 1150 es va bastir la portalada monumental. Aleshores Ripoll continuava essent la casa monàstica més rellevant de Catalunya i tant Ramon Berenguer III, que heretà el comtat de Besalú a la mort de Bernat III, com Ramon Berenguer IV encara s’hi van fer enterrar.
Ripoll va recuperar la seva independència a la segona meitat del segle XII. El 1169 els setanta-cinc monjos de la comunitat van elegir abat el monjo ripollès Ramon de Berga, sense el consentiment de Marsella, que ho rebutjà. Berga va rebre el suport d’Alfons el Cast i a partir de 1172 ja va ser-ne l’abat efectiu, fins a la seva mort el 1205. A ell s’atribueix l’inici de la renovació del claustre i la galeria de la planta baixa de l’ala nord. Vers 1215-1219 Ripoll s’integrà a la Congregació Claustral Tarraconense, on jugà un paper molt actiu fins a la seva desaparició. Altres abats notables que regiren el monestir durant el segle XIII van ser Bernat de Peramola, Bertran Desbac o Ramon de Vilaregut, constructor del porxo que aixopluga la portalada.
