L’època moderna
L’antiga esplendor del període del romànic no va tornar, però la casa va mantenir una notable vitalitat. El 1787 Ripoll era el segon monestir català de la Congregació Claustral Tarraconense en nombre de monjos i el dotat amb majors rendes.
Durant el segle XVI continuà el govern dels abats comendataris, algun dels quals, i gràcies al reviscolament econòmic d’aquells anys, van portar a terme empreses artístiques d’envergadura, com la finalització del pis superior del claustre (v.1509-1510), amb la construcció de les ales de llevant, migdia i ponent, o l’edificació de la torre del palau abacial (1525-1530). L’abat Climent Mai va promoure la fundació de l’hospital al cap del pont d’Olot (1573). Foren anys d’enfrontaments dins la comunitat perquè alguns monjos es resistien a acceptar les disposicions provinents del concili tridentí. En morir Mai es va produir un etapa d’abadiat vacant, fins el 1596, en què va ser nomenat el primer abat de provisió reial. El conflicte amb els veïns de la vila es va mantenir al llarg del segle XVI i s’agreujà a la primeria del XVII, quan l’abat fins i tot se serví de quadrilles de bandolers per imposar la seva voluntat. Cada vegada era més feridor el contrast entre els drets tradicionals del monestir sobre la vila i la puixança de la població, convertida en un centre industrial de primer ordre, sobretot gràcies a la indústria del ferro i de fabricació d’armes. L’abat Francesc de Santjust (1616-1621) va fer construir l’edifici de la Cort del Vicari, centre d’administració de les possessions de l’abadia. Després vingué un nou període de seu vacant (1627-1634) i la Guerra dels Segadors, amb repetides ocupacions franceses, que es van perllongar fins el final de segle.
Al darrer terç del segle XVII va tenir lloc l’adaptació de l’església abacial al gust barroc. El 1686 es construí un cambril per a facilitar l’adoració de la imatge de la Mare de Déu, el que va obligar a modificar l’absis major i un dels absidiols contigus. Les obres no s’acabaren fins després de 1705, quan s’inicià una segona fase d’obres. En els mateixos anys es bastí la capella de la Congregació de la Immaculada Concepció (1691), annexa a la parroquial de Sant Pere. Després de la Guerra de Successió seguí un llarg període de tranquil·litat. Però el segle s’acabà amb una nova ocupació francesa (1794). Les tropes entraren al monestir i van profanar la tomba de Ramon Berenguer IV, fet que presagiava el que s’esdevendria pocs anys més tard, la guerra del Francès i la Primera Guerra Carlina, durant la qual es produí la crema del monestir i la fi de la vida conventual.
